Sayangnya, Ratu Elizabeth I malah dengan mudah menangkap Mary I dan kemudian memenjarakannya selama kurang lebih 19 tahun.
Pendukung Mary yang kala itu mendapat kabar ini justru berambisi untuk menghabisi nyawa Elizabeth I supaya Mary bisa menggantikan Tahtanya sebagai Ratu Inggris masa itu.
Ide terselubung ini ditulis dalam sebuah surat yang kemudian terbaca oleh mata-mata Ratu Elizabeth I, dan membawa petaka bagi Mary.
Mary akhirnya dicap sebagai orang yang melakukan pengkhianatan terhadap Ratu dan dijatuhkan hukuman mati pada 7 Februari 1587 malam.
Keesokan paginya, Mary harus menjalani hukuman mati di ruangan utama Kastil Fotheringhay dengan disaksikan oleh Earl of Shrewsbury dan Kent.
Ia menjalani hukuman penggal akibat pengkhianatannya itu.
Menurut saksi, sebelum dieksekusi Mary mengucapkan “In Manus tuas, Domine, commendo spiritum teum.”
“ke dalam tanganMu, Tuhan, kuserahkan jiwaku.” Artinya dalam bahasa Indonesia.
Jasad Mary kemudian dibalsem dan dimakamkan pada Juli 1587. Kemudian dipindahkan oleh sang anak, James I ke Westminster Abbey pada 1612.***