Mereka sempat hidup di Perancis selama beberapa tahun, hingga pada akhirnya di tahun 1561, Mary kembali ke Skotlandia setelah Francis meninggal dunia di tahun 1560-an.
Tak lama berselang, Mary memutuskan untuk menikah lagi dengan seorang pria yang diketahui masih merupakan sepupunya, yaitu Henry Stuart yang memiliki gelar Lord Darnley.
Dari pernikahannya bersama Henry, akhirnya Mary dikaruniai seorang anak laki-laki sebagai pewaris tahta kerajaan Skotlandia bernama James, yang diberi gelar James VI.
Mereka tinggal di kawasan Edinburgh kala itu.
Namun naas, pada tahun 1567 Henry ditemukan tewas terbunuh di taman dekat kediamannya.
Tak sampai disitu, bahkan tempat tinggal mereka juga dikabarkan hancur lebur akibat sebuah ledakan yang cukup besar.
Disinilah “disaster” untuk Mary bermula. Ia diduga sebagai penyebab kematian mendiang suami tercintanya. Beruntung, hal itu belum terbukti sama sekali.
3 bulan setelah kematian Henry Stuart, Mary akhirnya menikah untuk ketiga kalinya dengan James Hepburn atau yang dikenal dengan Earl of Bothwell.
James Hepburn rupanya termasuk salah satu orang yang dicurigai sebagai tersangka atas kematian Lord Darnley.
Pernikahan mereka yang terbilang cepat, mengingat hanya berselang 3 bulan pasca kematian Henry tentu saja menuai kontra dan pertentangan dari kalangan bangsawan Skotlandia.
Bahkan para bangsawan itu melakukan pemberontakan hingga membuat James Hepburn akhirnya melarikan diri demi keselamatan dirinya.
Baca Juga: Ini 5 Faktor Utama yang Mempererat Ikatan Persahabatan, Apa Saja?
Alih-alih selamat, Hepburn justru tertangkap dan dipenjara sampai akhir hayatnya oleh para bangsawan.
Mary juga mengalami hal yang sama. Namun ia ditahan di penjara tepatnya di Kastil Lochleven. Setahun berlalu, Mary nekat melarikan diri ke Inggris dan membentuk pasukan untuk melakukan perlawanan.
Kemudian Mary meminta tolong perlindungan kepada Ratu Elizabeth I yang masih sepupu dengannya ketika pasukannya berhasil ditaklukan oleh para pemberontak kala itu.